GPS北斗雙模時鐘系統主要是為弱電系統和通信系統的主控設備、自動化設備、計算機設備和定時設備提供標準的時間同步信號而設置的，其結構也更為復雜，技術含量更高。GPS北斗雙模時鐘系統是是中國自行研制開發的區域性有源三維衛星定位與通信系統（CNSS），是除美國的定位系統（GPS）、俄羅斯的GLONASS之后第三個成熟的衛星導航系統。通過接收衛星的標準時間信號可以保證母鐘時間的準確性，在我國一些核心部門由于安全需要，都采用了GPS/北斗雙模母鐘。GPS北斗雙模時鐘系統主要由GPS/北斗衛星定時基準源、中心母鐘（主備）、二級母鐘（主備）、銣原子鐘（氫原子或銫原子鐘）、各智能遠端輸出接口卡、各接口設備、NTP時間服務器、系統網管設備（控制管理系統）、各種子鐘、接線箱、電源及系統信號傳輸電纜組成。